JBTRCの組織と運営
NPO法人日本脳腫瘍リファレンスセンターは、その設立母体である日本脳腫瘍病理学会と密接な関係を保ちながら運営されています。法人化後は理事会が組織され、現在は５名の理事により運営に関する重要事項が審議されています。
JBTRCの実務を担当するものが「センター施設」であり、そこにセンター長と事務職員が配置されています。センター施設は現在のところ、群馬大学大学院医学系研究科病態病理学分野内に設置されています。
JBTRCの重要な活動である脳腫瘍病理診断コンサルテーションを実施するために、脳腫瘍病理のエキスパート５名にコンサルタントを依頼しています。
JBTRCの財政は、主に会員からの年会費と事業収入（コンサルテーション料）によってまかなわれています。